本系為全國技職體系中唯一臨海的水產養殖系，以澎湖特有的沿岸養殖及海水箱網養殖為基礎，肩負起發展及推廣台灣海水魚、蝦、貝類繁養殖的教育使命。　 　　目前有日間部 4 班，夜間進修二專部 2 班，學生總人數約 200 人。
沿革
民國80年	高雄海專澎湖分部，設水產養殖科
民國82年	設夜間部(水產養殖科)
民國84年8月	改制澎湖海事管理專科學校
民國89年8月	升格為國立澎湖技術學院，水產養殖科升格為水產養殖系
民國94年8月	升格為國立澎湖科技大學

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　　除教育部部定共同課程外，專業課程內容涵蓋海水魚、蝦、貝類繁養殖及其生態資源兩大領域。教學以理論及實務兼俱為原則，其目的在培養學生獨立思考及創作的能力。

　

其特色為：

以整個澎湖群島為教學資源，親身體會澎湖特有的箱網養殖、牡蠣及九孔延繩養殖、紫菜繁養殖及漲退潮換水的陸上漁塭養殖。

學生在學期間必須接受老師指導完成專題研究，此外還必須到校外水產養殖公民營機構實習，結束後必須繳交實習記錄及上台報告。

　　

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專業師資：

　　本系有十位專任教師，教授三位，副教授二位，助理教授三位，講師二位，專長涵蓋水產養殖各專業領域。

專業設備：

　　每位老師均有專屬研究室供教師帶領研究生或專題生進行專業研究，系上則有生物、化學及貴重儀器實驗室各一間，另有供教學研究使用之專屬養殖場，計有兩棟孵化室、五十個水泥試驗池(3-10頓)及約一百五十個各式FRP桶（槽）

　

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升學：

可報考國內外水產、海洋及生物等相關領域的研究所。

就業：

   A．產業界 ：
   　　　　　　水產種苗繁殖場、養殖場、魚苗仲介、水族館、海洋博物館、飼料公司、生技公司、儀器公司、水產機械公司、水產貿易公司。

   B．政府機關：
    　　　　　　行政院農業委員會、漁業署、水產試驗所、（市）政府漁業課及環保局縣、機場海關。

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近程－

　　落實課程規劃，提高畢業學生升學及就業率。加強師資與教學設備。完成海洋資源科技大樓興建。

中程－

　　強化本系師資與設備並結合地方產學資源擴增研究量能，凸顯本系在海水魚、蝦、貝 、藻類繁養殖經營管理之特色，並以研發成果服務產業及回饋地方。

遠程－

　　將本校海水箱網中心建構成本系實驗基地，作為本系師生箱網養殖教學及實務訓練中心，同時提供國內各學術及研究機構的實驗場所。